日本全国の鉄道会社の運賃制度変更情報を掲載します。
（改訂履歴）千葉県のいすみ鉄道は２００９年４月１日（水）に運賃改定を実施。改定率は７．２％。初乗り運賃が１７０円から１８０円に、全線で６２０円から７００円に、通勤定期の割引率を３３％から３２％に変更。通学定期と１日フリー乗車券と房総横断記念乗車券の金額は据え置き。
（いすみ鉄道 http://www.isumirail.co.jp/）
福岡県の平成筑豊鉄道は２００９年４月１日（水）に運賃改定を実施。改定率は１３．５６％。片道運賃をおとなで一律４０円値上げする。
（平成筑豊鉄道 http://www.heichiku.net/）
阪神電気鉄道は２００９年３月２０日（金）に運賃改定を実施。同日のなんば線の開業に伴うもの。なんば線西九条・近鉄難波間を含む利用区間について、１〜４キロで６０円、５キロ以上で９０円の加算運賃を設定する。また、大物から元町方面と九条から近鉄難波方面間の定期券にて梅田駅での乗降を可能とする。
（阪神電気鉄道 http://rail.hanshin.co.jp/）
ＪＲ東日本は２００９年３月１４日（土）に東京近郊区間を拡大する。新たに対象となる区間は、常磐線 高萩・いわき間、上越線渋川・水上間、烏山線、信越本線高崎・横川間、総武本線成東・銚子間、外房線大原・安房鴨川間、内房線君津・安房鴨川間、成田線成田・松岸間、鹿島線、久留里線。ＩＣカード乗車券「Ｓｕｉｃａ」の利用可能エリア拡大に伴うもの。過去に同様の理由で１９９９年６月１１日と２００４年１０月１６日にも拡大されている。なお、拡大エリアに関連する乗車経路にかかわる特例は廃止される。
（ＪＲ東日本 http://www.jreast.co.jp/）
京阪電気鉄道は２００８年１０月１９日（日）に運賃改定を実施。同日の中之島線の開業に伴うもの。中之島線におとな片道６０円の加算運賃を設定したうえで、実施運賃を大江橋と淀屋橋、なにわ橋と北浜の各駅で揃え、定期券では両駅で乗降可能とする。また、５３〜５４キロの普通運賃（おとな片道４１０円）と６６キロの定期運賃（通勤１か月１５，９７０円）を新設する。
（京阪電気鉄道 http://www.keihan.co.jp/）
大阪府の阪堺電気軌道は２００８年７月１日（火）に通勤定期運賃の改定を実施。９〜１５キロの区間で１か月１２，０２０円から１キロ毎の設定に変更、７３０円から３，１９０円の値下げ。
（阪堺電気軌道 http://www.hankai.co.jp/）
青森県の弘南鉄道は２００８年７月１日（火）に運賃改定を実施。おとな片道運賃を全区間で３０円値上げし、初乗り運賃が１７０円から２００円に変わる。
名古屋鉄道は２００８年６月２９日（日）に竹鼻・羽島線で特定運賃を新設する。竹鼻線柳津駅の西笠松方面への０．２ｋｍの移設に伴うもので、新羽島方面各駅との運賃を駅移設前の額に据え置く。
（名古屋鉄道 http://www.meitetsu.co.jp/）
熊本県の熊本電気鉄道は２００８年４月１日（火）に運賃改定を実施。改定率は約８．４％。初乗り運賃が１２０円から１３０円に、藤崎宮前・須屋間が２５０円から２８０円に、それぞれ値上げされる。
（熊本電気鉄道 http://www.kumamotodentetsu.co.jp/）
岐阜県の長良川鉄道は２００８年４月１日（火）に運賃改定を実施。改定率は約８．５％。美濃太田・関間が４１０円から４５０円に、関・郡上八幡間が９８０円から１０８０円に、それぞれ値上げされる。
（長良川鉄道 http://www.nagatetsu.co.jp/）
富山県の黒部峡谷鉄道は２００８年４月１日（火）に運賃改定を実施する予定。改定率は１５．５％。全線で１，４４０円から１，６６０円に値上げされる。
（黒部峡谷鉄道 http://www.kurotetu.co.jp/）
東京地下鉄は２００８年３月１５日（土）に特急料金を新設。小田急ロマンスカーの千代田線等乗り入れに伴うもの。ねだんは２００円均一。自社線内のみの特急券は発売しない。
（東京地下鉄 http://www.tokyometro.jp/）
東京都の東京臨海高速鉄道は２００８年３月１５日（土）に通学定期運転を改定。割引率を５割から７割に変更し、４割の値下げとなる。
（東京臨海高速鉄道 http://www.twr.co.jp/）
ＪＲ西日本は２００８年３月１５日（土）に運賃制度の内規を変更した模様。大阪市内着の乗車券で東海道本線尼崎以遠に乗り越す場合、従来はＪＲ東西線利用の場合を除き塚本からの運賃を請求していたが、これを加島に変更、統一するもの。例えば西宮までの精算額が４０円値下げの１７０円となる。
（ＪＲ西日本 http://www.westjr.co.jp/）
熊本県の熊本市交通局は２００７年１０月１２日（金）に運賃改定を実施。改定率はマイナス６．２９％。おとな片道で２キロまで１３０円、５キロまで１５０円、８キロまで１８０円、１０キロまで２００円の対キロ区間制を、１５０円の均一制に変更する。
（熊本市交通局 http://www.kotsu-kumamoto.jp/）
長野県のしなの鉄道は２００７年６月１日に運賃改定を実施する。運賃を平均で約１２．５％値上げし、初乗り運賃は２０円値上げの１８０円となる。
（しなの鉄道 http://www.shinanorailway.co.jp/）
ＪＲ東日本は２００７年６月１日に、しなの鉄道との乗継割引運賃を廃止する。１９９７年の長野新幹線開業に伴う平行在来線経営分離時に設けた、しなの鉄道と信越本線今井、篠ノ井線稲荷山、小海線岩村田までの間の連絡乗車券を、おとな片道２０円または４０円（２００１年３月まではその倍額）割り引く制度。
（ＪＲ東日本 http://www.jreast.co.jp/）
福岡県の北九州高速鉄道は２００７年５月１日から、隣接駅間と小倉・旦過間の片道運賃を１５０円〜１７０円から１００円へ値下げする。
（北九州高速鉄道 http://www.kitakyushu-monorail.co.jp/）
茨城県の関東鉄道は２００７年４月２３日に運賃改定を実施する。つくばエクスプレス開業により旅客運賃収入が４分の３になったため。初乗り運賃を２０円アップの１４０円にするほか、７ｋｍまでの片道運賃を２０円ずつ、８ｋｍ以上の片道運賃を３０円ずつ値上げする。
（関東鉄道 http://www.kantetsu.co.jp/）
千葉県の舞浜リゾートラインは２００７年４月１日に運賃改定を実施する。均一運賃を５０円値上げし２５０円に、定期運賃も２５％値上げする。
（ディズニーリゾートライン http://www.tokyodisneyresort.co.jp/drl/）
鳥取県の若桜鉄道は２００７年４月１日に運賃改定を実施する予定。通学定期運賃の割引率を５０％から４０％に変更し約２割の値上げ、通勤定期運賃の割引率を４０％から３５％に変更し約８％の値上げ。また、八頭高校前・郡家間の運賃を６０円から１００円に値上げする。
（若桜鉄道 http://www.infosakyu.ne.jp/~wakatetu/）
宮城県の仙台空港鉄道は、２００７年３月１８日の開業時の運賃を申請する予定。内容は不詳だが運賃はおそらく区間制と思われ、おとな片道で名取から杜（もり）せきのしたまで１７０円、美田園まで２１０円、仙台空港まで４００円の見込み。
（仙台空港鉄道 http://www.senat.co.jp/）
大阪府の大阪高速鉄道は２００７年２月１日に通学定期運賃を改定する予定。通学者の負担緩和や利用促進のため。割引率を５０％から６０％に拡大し、運賃を約２割引き下げる。
（大阪高速鉄道 http://www.osaka-monorail.co.jp/）
名古屋鉄道は２００６年１２月１６日に瀬戸線栄町・東大手間の加算運賃を廃止し、豊田線の加算運賃をおとな片道３０〜１１０円から同２０〜６０円に減額する予定。前者は資本費の回収進展とＳＦカードシステム導入のため、後者は利用促進のため。
（名古屋鉄道 http://www.meitetsu.co.jp/）
名古屋鉄道は２００６年１２月１６日に瀬戸線と名鉄名古屋または金山以遠とのキロ程通算特例を廃止する予定。ＳＦカード導入のため。なお、通学定期は２００９年１２月１５日まで適用が続く。
（名古屋鉄道 http://www.meitetsu.co.jp/）
長崎県の島原鉄道は２００６年４月１日（土）に運賃改定を実施。改定率は平均４．７パーセント。大人初乗り運賃を１０円値上げの１５０円に、島原・加津佐間の全線では９０円値上げの２，０６０円とする。通勤定期の割引率は２５パーセントから３０パーセント（２６キロ以上は４０パーセント）に拡大して値下げ、通学的の割引率は５０パーセントのまま据え置き。
（島原鉄道 http://www.shimatetsu.co.jp/）
東武鉄道は２００６年３月１８日に制度改定を実施。従来は乗車日２日前まで３割、前日から出発前まで５割としていた特急券の払戻し手数料を、特急券１００円、個室券４００円に値下げする。なお、同日運行開始のＪＲ線直通特急の払いもどし手数料は、ＪＲの制度を適用する。
（東武鉄道 http://www.tobu.co.jp/）
ＪＲ東日本は２００６年３月１８日乗車分から、当日中に常磐線勝田駅改札内で特急を乗り継ぐ際に、通しの料金を適用する。従来の水戸駅に追加する措置。
（ＪＲ東日本 http://www.jreast.co.jp/）
兵庫県の神戸新交通は２００６年２月２日に運賃改定を実施。ポートアイランド線と六甲アイランド線の運賃について、従来の大人片道２４０円の均一制を、２キロまで２００円、５キロまで２４０円、８キロまで２８０円、９キロまで３２０円の対キロ区間制に変更する。通学定期と６か月定期の割引率拡大も実施。
（神戸新交通 http://www.knt-liner.co.jp/）
京都府の京都市交通局は２００６年１月７日に運賃改定を実施。理由は赤字と設備投資。３キロまでの初乗り運賃を１０円値上げの２１０円に、以降４キロ毎３０円アップ５区までの運賃を一律２０円値上げ。
（京都市交通局 http://www.city.kyoto.jp/kotsu/）
ＪＲ東日本は２００５年１２月１０日乗車分から、成田エクスプレスのグリーン料金を改訂。従来の１００キロまで２，５５０円、２００キロまで２，８５０円を、２，０００円均一に変更する。なお、ＪＲ東日本の他の特急列車と比較して、１００キロまでは１，０００円高い。
（ＪＲ東日本 http://www.jreast.co.jp/）
ＪＲ東日本は２００５年１２月１０日乗車分から、４人用グリーン個室料金を改訂。従来の２００キロまで１人分２，９５０円を、１室６，０００円に変更する。なお、ＪＲ九州のグリーン個室料金より１，１００〜４，０００円高い。
（ＪＲ東日本 http://www.jreast.co.jp/）
ＪＲ東日本は２００５年１２月１０日乗車分から、４人用グリーン個室利用時の運賃や料金の計算方法を改訂。従来は個室定員分の運賃・特急料金・グリーン個室料金が必要であったものを、利用人数分の運賃・特急料金と１室のグリーン個室料金が必要と変更。個室定員に満たない人数で利用する際に値下げとなる。ＪＲ九州のグリーン個室と同じ考え方。
（ＪＲ東日本 http://www.jreast.co.jp/）
ＪＲ東海は２００５年１０月１日に料金改訂を実施。身延線と飯田線豊橋・飯田間に３０ｋｍまでの自由席特急料金（３１０円）を新設し、中央本線塩尻・多治見間、関西本線・紀勢本線名古屋・新宮間の３１ｋｍから５０ｋｍまでの自由席特急料金を７３０円から６３０円に値下げする。
（ＪＲ東海 http://www.jr-central.co.jp/）
東京都の首都圏新都市鉄道は、２００５年８月２４日開業のつくばエクスプレスの運賃を申請。おとな片道で初乗り運賃は３ｋｍまで１６０円、以降１５ｋｍまで２ｋｍ毎に４０円ずつアップ、以降は３ｋｍ毎に５０円ずつアップし、秋葉原・つくば間の全線５８．３ｋｍでは１，０５０円。こども半額端数切り上げ。
（首都圏新都市鉄道 http://www.mir.co.jp/）
大阪府の大阪港トランスポートシステムは２００５年７月１日に独自運賃を廃止し大阪市交通局の運賃体系に組み込まれる。テクノポート線の第３種鉄道事業化とニュートラムテクノポート線の大阪市への譲渡に伴うもの。
（近畿日本鉄道 http://www.kintetsu.co.jp/）
近畿日本鉄道は２００５年５月２１日発売分より、１００キロ以上の区間の定期運賃の計算方法を変更する。従来は１００キロと超過分の定期運賃を合算していたが、超過分は１か月５キロ毎１，２００円（通学定期は３００円）を加算する方法に変更する。最大で約２５％の値下げ。
（近畿日本鉄道 http://www.kintetsu.co.jp/）
福岡県の平成筑豊鉄道は２００５年４月１日に運賃改定を実施。改定率は５．９％。初乗り運賃は２０円値上げの１８０円に、その他の運賃は３０円値上げ。
（平成筑豊鉄道 http://www.joho.tagawa.fukuoka.jp/heitiku/）
山口県の錦川鉄道は２００５年４月１日に運賃改定を実施予定。運賃値上げは消費税の導入とその税率改定を除き、１９８６年の転換開業以来初めて。改定率は上限運賃が３３％、実施運賃が１４．６％。３キロまでの初乗り運賃は２０円値上げの１７０円に、全線では１１０円値上げの１，１１０円。
（錦川鉄道 http://ww52.tiki.ne.jp/~nishikis/）
岐阜県の樽見鉄道は２００５年４月１日に運賃改定を実施予定。改定率は１７．１％。３キロまでの初乗り運賃１８０円は据え置き、それ以上の区間は３０〜９０円アップ、大垣・樽見間３４．５ｋｍの全線では７０円アップの９００円。定期運賃の割引率は通勤３０％、通学６０％で変わらない。
（樽見鉄道 http://www006.upp.so-net.ne.jp/tarumi-railway/）
小田急電鉄は２００５年４月１日に運賃改定を実施。定期運賃は４月１日改定予定。東北沢・和泉多摩川間の特定都市鉄道整備事業の期間終了と、同事業に伴う資本費の増加が主な理由。
上限運賃の改定率は０．０％。初乗り運賃と入場料を１０円値下げし１２０円にして、多摩線の加算運賃を廃止し、相鉄いずみ野線いずみ中央・下飯田駅と江ノ島線高座渋谷・善行間との乗継運賃を設定する。また、５２キロ以上の土休日割引回数券を設定。定期運賃の平均割引率は、通勤で４４．５％から４３．１％に、通学で７７．６％から７７．２％に、それぞれ縮小する。
（小田急電鉄 http://www.odakyu-group.co.jp/）
東京急行電鉄は２００５年３月２０日に運賃改定を実施。特定都市鉄道整備事業について、大井町・二子玉川・溝の口間の期間終了と東横線の特定都市鉄道整備事業の期間開始予定と、同事業に伴う資本費の増加が主な理由。
上限運賃の改定率は平均０．４％。初乗り運賃を１０円値上げし１２０円に、世田谷線均一運賃を１０円値上げし１４０円とする一方で、田園都市線渋谷・溝の口間の特別加算運賃（おとな１０円、通勤１か月３２０円）を廃止する。定期運賃の平均割引率は、通勤で３８．８％から３７．６％に縮小、通学で７３．７％から７３．８％に拡大。
（東京急行電鉄 http://www.tokyu.co.jp/）
東武鉄道は２００５年３月２０日に運賃改定を実施。特定都市鉄道整備事業について、伊勢崎線１１号線（半蔵門線）直通化、野田線複線化、東上線輸送力増強の期間終了と、同事業に伴う資本費の増加と輸送需要の低迷が主な理由。
上限運賃の改定率は１．１％。定期運賃の平均割引率は、通勤で４１．７％から４０．１％に、通学で７９．９％から７９．８％に、それぞれ縮小する。また、５１キロ以上の土休日割引回数券を設定。
（東武鉄道 http://www.tobu.co.jp/）
愛知県の愛知高速交通は、２００５年３月６日開業の東部丘陵線（リニモ）の運賃を新設。おとな片道で初乗り運賃１６０円、以後１区毎に６０円ずつ上がり、全線８．９ｋｍでは３６０円。こども半額。
（愛知高速交通 http://www.linimo.jp/）
名古屋鉄道は、２００５年１月２９日に開業する空港線常滑・中部国際空港間に加算運賃を導入する。加算額はおとなで全線８０円、常滑・りんくう常滑間３０円、りんくう常滑・中部国際空港間５０円。
（名古屋鉄道 http://www.meitetsu.co.jp/）
長崎県の松浦鉄道は２００５年１月１０日に運賃改定。平均改定率は７．６％。初乗り運賃はおとなで１０円値上げの１５０円、全線で１３０円値上げの２，２９０円。運賃の区切りを３キロ刻みから１キロ刻みに変更し、片道定期の運賃を往復定期の半額から５５％にした。
（松浦鉄道 http://www.try-net.or.jp/~matutetu/）
ＪＲ西日本とＪＲ四国は２００４年１２月１日に岡山発着四国特急と四国内特急の料金通算制度を導入する。次の３ケースにおいて特急２列車を乗り継ぐ際に、特急料金やグリーン料金を１列車とみなし全区間で通算して計算する。新幹線との乗継割引も適用する。
(1)岡山・宇和島間を運転する特急列車の停車駅相互間を、宇多津・丸亀・多度津・松山で出場せず乗り継ぐ
(2) 岡山・窪川間を運転する特急列車の停車駅相互間を、宇多津・丸亀・多度津・高知で出場せず乗り継ぐ
(3) 岡山・牟岐間を運転する特急列車の停車駅相互間を、徳島で出場せず乗り継ぐ
（ＪＲ西日本 http://www.westjr.co.jp/）
（ＪＲ四国 http://www.jr-shikoku.co.jp/）
ＪＲ四国は２００４年１２月１日から、特急２列車を１列車分として通算で料金を求めた特急券に対して、従来は非適用であった新幹線や「サンライズ瀬戸」と乗り継ぐ際の乗継割引の適用を開始する。
（ＪＲ四国 http://www.jr-shikoku.co.jp/）
ＪＲ東日本は２００４年１１月２７日に新潟近郊区間を新設する。新潟地区へのＩＣカード乗車券の導入に伴うもの。範囲は信越本線東三条・新潟間、白新線、羽越本線新津・新発田間、越後線新潟・吉田間、弥彦線。上越新幹線は含まない。
（ＪＲ東日本 http://www.jreast.co.jp/）
ＪＲ東日本は２００４年１１月２６日までで新潟地区の選択乗車３区間を廃止する。廃止区間は長岡・新発田間（新潟経由または東三条経由）、長岡・燕三条から東三条までの各駅（新幹線経由または見附経由）、新津・新発田間（新潟経由または水原経由）。
（ＪＲ東日本 http://www.jreast.co.jp/）
ＪＲ東日本は２００４年１０月１６日に東京近郊区間を拡大する。新たに対象となる区間は、中央本線大月・甲府・韮崎間、東北本線宇都宮・黒磯間、常磐線勝田・日立間、上越線新前橋・渋川間、外房線茂原・大原間、伊東線。ＩＣカード乗車券「Ｓｕｉｃａ」の利用可能エリア拡大に伴うもの。過去に同様の理由で１９９９年６月１１日にも拡大されている。
（ＪＲ東日本 http://www.jreast.co.jp/）
ＪＲグループは２００４年１０月１５日限りでグリーン車用回数券の発売を終了する。この回数券は２００キロ以内の任意の区間で発売され、６枚綴りで１か月有効、ねだんは運賃とグリーン料金の合計額の１割引。
ＪＲ東日本は２００４年１０月１６日に普通列車グリーン料金とグリーン定期券を一部値下げ。普通列車グリーン料金は５０ｋｍまで（７５０円）を据え置き５１ｋｍ以上を現行の５１〜１００ｋｍの９５０円に統一、土休日と年末年始（１２／２９−１／３）はその２００円引きの「ホリデー料金」の適用とする。また、車内精算の旅客を対象としたそれらの２５０円増しの車内料金を新設。それに対応して、グリーン定期券は遠距離区間を中心に値下げし、宇都宮線や高崎線で新たに設定する。
（ＪＲ東日本 http://www.jreast.co.jp/）
ＪＲ東日本は２００４年１０月１６日に普通列車グリーン車に関する制度改訂を実施。定期乗車券とグリーン券でのグリーン車利用を可能とする。ＪＲ西日本とＪＲ四国も岡山・高松間の快速「マリンライナー」で同様の措置を取る。
（ＪＲ東日本 http://www.jreast.co.jp/）
京成電鉄は２００４年９月１日にスカイライナー券の変更や払戻の制度を変更する。従来は列車出発日３日前まで２１０円、列車出発時刻１時間前まで５割の払戻手数料を一律１００円に値下げし、変更可能時間を列車出発時刻１時間前までから列車出発時刻前までに拡大する。
（京成電鉄 http://www.keisei.co.jp/）
東京都の多摩都市モノレールは２００４年８月２０日に運賃改定。大人片道運賃で５ｋｍまでを２４０円から２５０円に、７ｋｍまで２８０円を３００円に、１０ｋｍまで３２０円を３５０円に、１２ｋｍまで３６０円を４００円に値上げする。隣接駅間１００円、３ｋｍまで２００円、１３ｋｍ以上４００円は変わらず。通学定期は片道運賃の１８倍から２１倍に値上げ、通勤定期は３９倍のまま。
（多摩都市モノレール http://www.tama-monorail.co.jp/）
東武鉄道は２００４年５月１日に、団体割引の適用人数を２５人以上から８人以上に引き下げる。
（東武鉄道 http://www.tobu.co.jp/）
広島県の広島高速交通は２００４年３月２０日に、３か月と６か月の通勤定期運賃を値下げする。
ＪＲ東日本は２００４年３月１３日に制度改訂を実施。熊谷以遠行田方面・高崎以遠北高崎または井野以遠間（高崎線経由または上越新幹線経由）を選択乗車区間に追加。同区間の新幹線単独駅「本庄早稲田」の開業に伴うもの。
（ＪＲ東日本 http://www.jreast.co.jp/）
ＪＲ東日本は２００４年３月１３日に制度改訂を実施。上越新幹線熊谷・高崎間を、高崎線と別線区間として取り扱える区間に追加。同区間の新幹線単独駅「本庄早稲田」の開業に伴うもの。
（ＪＲ東日本 http://www.jreast.co.jp/）
ＪＲ東日本は２００４年３月１３日に制度改訂を実施。東北新幹線東京・宇都宮間と上越新幹線大宮・高崎間を東京近郊区間から除外。同区間の新幹線単独駅「本庄早稲田」の開業に伴うもの。
（ＪＲ東日本 http://www.jreast.co.jp/）
ＪＲ東日本は２００４年３月１３日に制度改訂を実施。鶴見・新宿・大宮・蘇我に囲まれたエリアを通過する場合の運賃や料金を同エリア内最短経路で計算する特例について、そのエリアから赤羽以北、東京・錦糸町以東、品川以南を外し縮小する。新たなエリアは東海道本線東京・品川間、山手線、赤羽線、中央本線神田・代々木間、総武本線東京・錦糸町・御茶ノ水間、東北本線東京・赤羽間および日暮里・尾久・赤羽間。
（ＪＲ東日本 http://www.jreast.co.jp/）
ＪＲ東日本は２００４年３月１３日に制度改訂を実施。迂回経路の利用でも短い経路で運賃と料金を計算する経路特定について、東北本線大宮・赤羽間（「埼京線」経由でも浦和・川口経由で計算）、東北本線赤羽・日暮里間（尾久経由でも王子経由で計算）、東海道本線鶴見・品川間（西大井経由でも大井町経由で計算）、蘇我・東京間（京葉線経由でも総武・外房線経由で計算※キロ程は同一）の4区間を追加。上記の東京大環状線縮小に対応したもの。
（ＪＲ東日本 http://www.jreast.co.jp/）
ＪＲ西日本は２００４年３月１３日、大阪環状線を通過する特例を廃止。大阪環状線、ＪＲ東西線、東海道本線大阪・尼崎間のエリアを通過する場合の運賃や料金を同エリア内最短経路で計算する特例について、そのエリアを全廃。
（ＪＲ西日本 http://www.westjr.co.jp/）
ＪＲ西日本は２００４年３月１３日、迂回経路の利用でも短い経路で運賃と料金を計算する経路特定について、大阪環状線大阪・天王寺間（福島経由でも天満経由で計算）を追加。上記の大阪環状線制度廃止に対応したもの。
（ＪＲ西日本 http://www.westjr.co.jp/）
九州新幹線新八代・鹿児島中央間の開業に伴いＪＲ鹿児島本線八代・川内間を引き継ぐ肥薩おれんじ鉄道の運賃が発表された。初乗り運賃１８０円。ＪＲ九州の幹線運賃と比較して、普通運賃は約１．２８倍、通勤定期は約１．２９倍、通学定期は約１．２７倍。割引率は通勤定期で平均５４．７％、通学定期で平均７７．９％。
（肥薩おれんじ鉄道 http://www.hs-orange.com/）
東京急行電鉄は２００４年２月１日から、区間制だった回数券を金額券に変更。同時に乗越運賃の計算方法を区間外運賃請求から差額精算に変更。
（東京急行電鉄 http://www.tokyu.co.jp/）
横浜高速鉄道は２００４年２月１日開業のみなとみらい線横浜・元町中華街間の運賃を新設。大人片道で３ｋｍまで１８０円、４ｋｍ以上２００円、定期運賃の割引率は通勤３７％、通学６０％。こどもの国線とは運賃体系が異なる。
（横浜高速鉄道 http://mm21railway.co.jp/www/）
秋田県の由利高原鉄道は２００３年１２月１日から、従来は３０％であった通勤定期の割引率を４５％に変更した。つまり約２１％の値下げ。
（由利高原鉄道 http://www2.ocn.ne.jp/~yutetu/）
ＪＲ東日本は２００３年１１月１日から、券面表示の特定都区市内相互駅間を除き在来線の利用ができなかった、「新幹線回数券」などの東海道新幹線用の回数券について、東海道本線東京・熱海間と横浜線東神奈川・新横浜間の利用を可能化。「新幹線自由席特急回数券」は従来から可能、「ぷらっとこだま」等のＪＲ東海やその子会社の独自商品は引き続き在来線利用不可。
（ＪＲ東日本 http://www.jreast.co.jp/）
ＪＲ西日本は２００３年１１月１日から、大阪・北新地駅に絡む定期券や回数券の乗越運賃の計算方法を変更する。
従来は、大阪と北新地の両駅を同一駅扱いとして乗車や下車ができる、京橋以遠または尼崎以遠と大阪または北新地との間を有効区間に含む定期券や回数券で乗り越す場合にも、通常の場合と同様に定期券や回数券の有効区間外の全区間の運賃を請求していたが、これを大阪または北新地からの運賃の請求に変更する。つまり、精算額が安くなるケースが発生する。
（ＪＲ西日本 http://www.westjr.co.jp/）
ＪＲグループは２００３年１０月１日に制度改訂を実施。東海道新幹線品川駅開業に合わせたもの。
東海道新幹線品川駅開業に伴い、新在同一視の区間を東京・新横浜間から品川・新横浜間に、乗継割引の適用除外駅に品川駅を追加、いわゆる「東京大環状線」の図に入口駅として品川駅と新横浜方面の細線を追加、東京駅着列車の品川打切時の料金差額精算の対象に東海道新幹線を追加している。
「のぞみ号」関連では、のぞみ号自由席に適用される料金を特定特急料金と定め、ひかり・こだま号の自由席特急券と同額に設定、様式の項目でその両者を共用できると定めた。
その他、普通乗車券（片道・往復・連続）相互間の変更を可能化。有効開始日変更の取り扱いを廃止。
（ＪＲ北海道 http://www.jrhokkaido.co.jp/）
（ＪＲ東日本 http://www.jreast.co.jp/）
（ＪＲ東海 http://www.jr-central.co.jp/）
（ＪＲ西日本 http://www.westjr.co.jp/）
（ＪＲ四国 http://www.jr-shikoku.co.jp/）
（ＪＲ九州 http://www.jrkyushu.co.jp/）
ＪＲ東海とＪＲ西日本は、２００３年１０月１日に「のぞみ号」の指定席特急料金を改定する。従来の「ひかり・こだま号」特急料金の３１０〜１，８４０円増しから３００〜６００円増しに値下げし、新設する自由席には「ひかり・こだま号」の自由席特急料金を適用する。また、同日開業の品川（東京発着と同額）のほか、姫路・福山・徳山・小郡発着の料金を新設している。繁忙期・閑散期、改札内乗継、グリーン車利用など、特急料金の計算方法は従来のまま。同日のダイヤ改正により東京発着「ひかり号」の多くが「のぞみ号」に格上げされるため、指定席は事実上の値上げとなる。
（ＪＲ東海 http://www.jr-central.co.jp/）
（ＪＲ西日本 http://www.westjr.co.jp/）
富山県の万葉線（旧・加越能鉄道）は２００３年４月１日に運賃改定を予定。１６０円から４５０円まで１２段階の運賃を、１５０，２００，２５０，３００，３５０円の５段階に整理する予定。
（万葉線株式会社 http://www1.coralnet.or.jp/manyosen/）
三重県の近鉄北勢線は、２００３年４月１日から三岐鉄道の営業となるため、同日から運賃が変更される。運賃は４ｋｍまで１６０円、７ｋｍまで１ｋｍ毎に２０円加算、１７ｋｍまで２ｋｍ毎に４０円加算、２１ｋｍまで２ｋｍ毎に２０円加算と、三岐鉄道線より２０円安い。
（三岐鉄道株式会社 http://www.sangirail.co.jp/）
愛知県の桃花台新交通は２００３年３月２７日に運賃改定を実施。平均２７．２％の値下げで、２キロまで２００円が１６０円に、以後２キロ毎に５０円加算が３０円加算に、それぞれ引き下げ。全線の運賃は３５０円から２５０円となる。
（桃花台新交通 http://peachliner.jp/）
東武鉄道は２００３年３月１９日から特急・急行・個室の料金を値下げする。
「スペーシア」の特急料金は、従来の１−３０ｋｍ５００円、３１−６０ｋｍ９００円、６１−１２０ｋｍ１，２２０円、１２１ｋｍ以上１，４２０円を、１−４０ｋｍ５００円、４１−６０ｋｍ９００円、６１−１２０ｋｍ１，２００円、１２１ｋｍ以上１，４００円とし、さらに平日は４１ｋｍ以上を１００円引きとする。また、浅草１２〜１６時台発の列車と始発駅１７時以降発の上り列車は１−４０ｋｍ３００円、４１−６０ｋｍ５００円、６１−１２０ｋｍ８００円、１２１ｋｍ以上１，０００円とする。個室料金は従来の一室５，９１０円から土休日３，６００円、平日３，０００円に値下げ。
「りょうもう号」の特急料金は、従来の１−３０ｋｍ５００円、３１−６０ｋｍ８５０円、６１−１２０ｋｍ１，１４０円を、１−４０ｋｍ５００円、４１−６０ｋｍ７５０円、６１−１２０ｋｍ１，０００円とする。また、浅草１２〜１６時台発の列車と始発駅１７時以降発の上り列車は１−４０ｋｍ３００円、４１−６０ｋｍ５００円、６１−１２０ｋｍ８００円とする。
急行料金は、従来の１−３０ｋｍ４５０円、３１−６０ｋｍ８００円、６１−１２０ｋｍ１，０７０円、１２１ｋｍ以上１，２２０円を、１−４０ｋｍ３００円、４１−６０ｋｍ５００円、６１−１２０ｋｍ８００円、１２１ｋｍ以上１，０００円とする。
なお、浅草・東武動物公園間４１．０ｋｍは４０ｋｍまでの料金を適用する。
（東武鉄道 http://www.tobu.co.jp/）
ＪＲ九州は２００３年３月１５日から、別府駅または大分駅で日豊本線（博多・小倉・大分・宮崎空港間で鹿児島・日南・宮崎空港線を含む）の特急を改札内で乗り継いで利用する場合に、１枚の特急券やグリーン券での利用を可能とする。「にちりん」一部列車の小倉・大分間廃止や「ソニック」大分・佐伯間廃止による「ソニック」と「にちりん」の乗継発生に対応するもの。
（ＪＲ九州 http://www.jrkyushu.co.jp/）
ＪＲ九州は２００３年３月１５日から、博多・直方間の特急料金を３００円から４００円に値上げ。２５ｋｍまでは従来通り３００円。
（ＪＲ九州 http://www.jrkyushu.co.jp/）
ＪＲ東日本・ＩＧＲいわて銀河鉄道・青い森鉄道は２００２年１２月１日から運賃の乗継割引を新設する。盛岡・好摩・目時・八戸で接続するおおむね各社２駅分の区間の運賃について、ＪＲが３０円、ＩＧＲが５０円、青い森鉄道が４０〜６０円、運賃を割り引く。定期券も割引の対象。５年間の時限措置の予定。
ＪＲ東日本は２００２年１２月１日から、東北・上越新幹線の運転打切時における差額精算の区間を東京・上野間から東京・大宮間に拡大した。つまり、例えば従来は仙台発東京行「やまびこ号」が大宮駅で運転を打ち切った場合、上野や東京までの特急券は全額を払い戻していたが、今後は仙台・上野または東京間と仙台・大宮間の特急料金の差額のみを払い戻す。
ＪＲ東日本は２００２年１２月１日から、東北新幹線と「山形新幹線」「秋田新幹線」を通して利用する場合の特急料金の払戻額の計算方法を変更する。従来は福島または盛岡を境に別個の特急券としてそれぞれに払戻手数料を計上していたものが、１枚のきっぷで発券されたものについて１区間として払戻手数料を計算する。
ＪＲ東日本は２００２年１２月１日から、東北新幹線と「山形新幹線」「秋田新幹線」を通して利用する場合のグリーン料金の計算方法を変更する。従来は福島または盛岡を境に別個の列車として扱いそれぞれの区間でグリーン料金を計算していたのが、打切計算をやめて全区間でグリーン料金を計算する。
ＪＲ東日本は2002年12月1日から１年間の期間限定で新幹線と特急のグリーン料金を値下げする。１００ｋｍまでは１，２４０円が１，０００円に、２００ｋｍまでは２，６７０円が２，０００円に、３００ｋｍまでは４，０００円が３，０００円に、３０１ｋｍ以上は４，０００〜７，４４０を一律４，０００円にする。
ＪＲグループは２００２年１２月１日から、ＩＧＲいわて銀河鉄道盛岡・目時間と青い森鉄道目時・八戸間を通過連絡運輸区間に追加した。対象は全国対全国。東北新幹線八戸延伸による東北本線盛岡・八戸間の他会社移管に伴うもので、ＪＲ線の前後の営業キロを通算して運賃を求め、ＩＧＲいわて銀河鉄道線と青い森鉄道線の運賃を別途加算する。
ＪＲ東日本は２００２年１２月１日から、「はやて」「こまち」を対象に立席特急券を発売する見込み。両列車の全車指定席化に対応したもの。
ＪＲ東日本は２００２年１２月１日から、「秋田新幹線」盛岡・秋田間と東北新幹線盛岡・八戸間に、現在の自由席特急料金と同額の特定特急料金を新設する。同区間の新幹線列車が「はやて」１往復を除き全車指定席となるための措置。席番は指定されず空席に座ることができるそうだが、乗車列車の指定があるかどうかと、盛岡・八戸間で自由席特急券が発売されるかどうかは不明。
ＪＲ東日本は２００２年１２月１日から、仙台・八戸間相互駅間の新幹線定期券「ＦＬＥＸ」「ＦＬＥＸパル」について、全車指定席列車への乗車を可能とする見込み。「はやて」「こまち」の全車指定席化により自由席がなくなるため。空席があれば着席も可能とのこと。
ＪＲ東日本は２００２年１２月１日から、上野・札幌間で寝台特急「北斗星」を利用する際の特急料金をおとな３，１５０円から２，１５０円に値下げすると発表した。東北新幹線八戸延伸による東北本線盛岡・八戸間の他会社移管に伴うもので、料金の値上がり幅を縮小させるもの。他にＩＧＲいわて銀河鉄道線と青い森鉄道線の特急料金が合計７４０円かかる。
ＪＲ東日本は２００２年１２月１日から、新幹線と在来線を乗り継ぐ際の特急（急行）料金の乗継割引の適用駅を削減する。現在は東京・上野・大宮駅を除く全駅であったものを、八戸・新潟・長岡・越後湯沢・長野の各駅に限定するもの。
ＪＲ北海道は２００２年１２月１日から、２５ｋｍまでのＡ特急料金３１０円は３００円に、２５ｋｍまでの急行料金を３１０円から３００円に、５０ｋｍまでの急行料金を５３０円から５００円に、それぞれ値下げする。
ＪＲ東日本は２００２年１２月１日から、１５０ｋｍまでのＢ特急料金を値下げする。新料金は５０ｋｍまで１３０円値下げの指定席１，０１０円・自由席５００円、１００ｋｍまで５０円値下げの指定席１，４１０円・自由席９００円、１５０ｋｍまで７０円値下げの指定席１，８１０円・自由席１，３００円。ＪＲ北海道「津軽海峡線」函館・中小国間も同様。２００１年１２月に値下げ済みの首都圏の５０ｋｍまでの料金を除きすべて値下げとなる。なお、磐越西線郡山・喜多方間は指定席１，０１０円・自由席５００円とする。
ＪＲ東日本は2002年12月1日から、盛岡・青森間の２５ｋｍまでの自由席特急料金（３２０円）と、東京・錦糸町・竜王間の１０１ｋｍ以上の特急料金（指定席１，７７０円・自由席１，２６０円）を廃止する。それぞれ１８０円、約４０円の値上げ。
ＪＲ東日本は２００２年１２月１日開業の東北新幹線盛岡・八戸間の運賃と料金を発表した。運賃の計算方法は従来と同様だが、東北本線盛岡・八戸間の経営移管で従来より１１．３ｋｍ短い東北新幹線盛岡・八戸間の実際の距離により営業キロを計算するため、一部区間で運賃が値下げとなる。指定席特急料金は東京・八戸間で６，０００円など。
東京都の東京臨海高速鉄道は２００２年１２月１日に運賃改定を実施する。同日の天王洲アイル・大崎間延伸開業に合わせるもので、初乗り運賃が１８０円から２００円になるなど既開通区間は２０〜４０円の値上げ。但し開業後３か月間はキャンペーン運賃として値上げ前の価格を維持する。
ＪＲ東日本は２００２年１１月３０日乗車分限りで、急行「アルプス」大宮以遠・青森間について、東北本線経由の運賃・料金で高崎・上越・羽越・奥羽線経由での利用を可能とする列車特定を廃止した。１２月１日の東北新幹線八戸延伸に伴う東北本線盛岡・八戸間の経営移管に伴うものと思われる。
岐阜県の神岡鉄道は２００２年１１月１日に運賃改定を実施する。初乗り運賃が１８０円から２００円に、全線で４８０円が５８０円に値上げされる。
長野県のしなの鉄道は２００２年１１月１日に定期券のみの運賃改定を実施する。割引率をＪＲ並みから第３セクター鉄道並みに縮小し、通勤定期で約２割、通学定期で約３割の値上げ。
鳥取県の若桜鉄道は２００２年１０月１日に運賃改定を実施する。国土交通省認可の上限運賃を定期外２５．９％、定期２７．５％値上げすると同時に、実行運賃の値上げは定期外６．３％、定期５．８％に抑えて実施する。全線で最大２０円の値上げだが、郡家・八頭高校間の運賃６０円はそのまま。
ＪＲグループは「周遊きっぷ」について２００２年１０月１日発売分から、全６７ゾーンのうち２９ゾーンを廃止し５ゾーンを変更する。内容は次のとおり。
01.北海道 → （変更なし）
02.札幌・道東 → （変更なし）
03.札幌・道北 → （変更なし）
04.札幌・道央 → （変更なし）
05.札幌・道南 → （変更なし）
06.釧網 → 廃止
07.札幌近郊 → （変更なし）
08.青函 → （変更なし）
09.青森・十和田 → （変更なし）
10.秋田・白神 → 廃止
11.田沢湖・十和田湖 → （変更なし）
12.盛岡・陸中海岸 → 廃止
13.一ノ関・南三陸 → 廃止
14.山寺・松島 → 変更
東北新幹線仙台・古川間を削除し、3,920円から3,300円へ値下げ。
15.庄内・最上 → 廃止
16.福島・蔵王 → 変更
東北新幹線福島・仙台間を削除し、3,990円から3,500円へ値下げ。
17.福島・会津 → 廃止
18.いわき・福島 → 廃止
19.水戸・郡山 → 廃止
20.日光・塩原 → 廃止
21.水戸・鹿島 → 廃止
22.北房総 → 廃止
23.南房総 → 廃止
24.越後・新潟 → 変更
上越新幹線長岡・新潟間を削除し、3,890円から3,400円へ値下げ。
25.越後湯沢・弥彦 → 廃止
26.上州・両毛 → 廃止
27.白根・越後湯沢 → 廃止
28.白馬・諏訪 → （変更なし）
29.妙高・軽井沢 → 廃止
30.湘南・熱海 → 廃止
31.諏訪・かいじ → 廃止
32.東京 → （変更なし）
33.富士・箱根 → 廃止
34.大井川・浜名湖 → 廃止
35.三河湾・日本ライン → 廃止
36.木曽路・恵那峡 → 廃止
37.飛騨・奥飛騨 → （変更なし）
38.鳥羽・熊野 → 廃止
39.奥三河・伊那路 → 廃止
40.富山・高岡 → （変更なし）
41.加賀・能登 → （変更なし）
42.越前・若狭 → （変更なし）
43.京阪神 → （変更なし）
44.近江路 → （変更なし）
45.播磨 → 廃止
46.南紀 → 変更
紀勢本線和歌山市・和歌山・紀伊田辺間と和歌山線和歌山・五条間と関連バス路線を削除し、6,000円から5,000円に値下げ。
47.北近畿 → （変更なし）
48.鳥取・倉吉 → 廃止
49.松江・出雲 → 変更
「鳥取・倉吉」と統合し「山陰」に名称変更。フリー区間を鳥取・出雲間と関連路線に縮小し、5,300円とする。
50.石見(A) → 廃止
51.石見(B) → 廃止
52.岡山・倉敷 → （変更なし）
53.福山・尾道 → 廃止
54.広島・宮島 → （変更なし）
55.津和野・秋芳・萩 → （変更なし）
56.下関・北九州 → （変更なし）
57.高松・松山 → （変更なし）
58.徳島・室戸・高知 → （変更なし）
59.四万十・あしずり → （変更なし）
60.四国 → （変更なし）
61.九州 → （変更なし）
62.福岡 → （変更なし）
63.長崎・佐賀 → （変更なし）
64.大分 → （変更なし）
65.熊本 → （変更なし）
66.鹿児島 → （変更なし）
67.宮崎 → （変更なし）
熊本県の熊本市交通局は２００２年９月１日から、市電と市バスの定期運賃を値下げする。現在は通勤３０％、通学４５％の割引率をそれぞれ４０％、５０％に改定するもの。同時に通勤定期には土休日に同伴家族４人までが土休日と年末年始に１乗車１００円で市電や市バスを利用できる「エコ定期」も導入する。
京都府の京福電気鉄道は、２００２年７月１日（月）に運賃改定を実施した。従来はおとな１８０，２１０，２３０円の対キロ区間制であった運賃について、全線２００円の均一制に移行した。
ＪＲ東海は２００２年７月１日（月）から、次の区間について３０ｋｍまでの自由席特急料金を６３０〜７３０円から３１０円に引き下げる。３１〜５０ｋｍの料金と指定席特急料金は従来どおり。
高山本線 岐阜・猪谷間
中央本線 多治見・塩尻間
関西本線 名古屋・亀山間
（ＪＲ東海 http://www.jr-central.co.jp/）
ＪＲ東海は２００２年７月１日（月）から、次の区間について定期券と特急券または急行券で特急・急行の普通車自由席を利用できるようにする。
東海道本線 名古屋・米原間
中央本線 名古屋・中津川間
（ＪＲ東海 http://www.jr-central.co.jp/）
小田急電鉄は２００２年３月２３日に特急料金を改定した。２１〜３５キロが１０円値下げの４００円に、３６〜４０キロが６０円値下げの５００円に、４１〜５０キロが１０円値下げの５５０円に、５１〜６５キロが１０円値下げの６００円に、それぞれ改訂されている。また、特定区間の３６キロ以上の特急料金について、特定額が改定額と同額になったため廃止された。２０キロまでと８１キロ以上は改定せず。
（小田急電鉄 http://www.odakyu-group.co.jp/）
ＪＲ東日本は２００１年１２月１日に、日暮里・岩沼間と岡谷・塩尻間の経路特定区間を廃止した。従来は日暮里以遠・岩沼以遠は常磐線利用でも東北本線の、岡谷・塩尻間は辰野経由でもみどり湖経由の運賃と料金でどちらの経路でも利用できたものが、今後は経路どおりの運賃と料金が必要となる。
ＪＲ東日本は２００１年１２月１日から、急行「アルプス」岡谷以遠・塩尻以遠間について、みどり湖経由の運賃・料金で辰野経由での利用を可能とする列車特定を設定した。同区間の経路特定区間の廃止に伴う措置で、つまり従来と同じ運賃・料金で「アルプス」が利用できるようにしたもの。
ＪＲ九州は、２００１年１０月６日から博多・直方間の特急料金とグリーン料金を新たに設定した。特急「かいおう」の新設に伴うもの。自由席特急券を３００円、グリーン券を３００円とし、新幹線との乗継割引は適用しない。この結果、博多・吉塚間で「ソニック」などを利用する場合にも乗継割引の対象外となる。
ＪＲ東海は、２００１年１０月１日に名鉄線新名古屋・新鵜沼間の通過連絡運輸を廃止した。特急「北アルプス」の廃止に伴うもの。
ＪＲ西日本は２０００年７月２８日から、特急（急行）券の新幹線と在来線の乗継割引の対象外のケースについて、東京（品川）・下関以遠（門司方面）相互間の寝台特急の部分を、東京（品川）・門司以遠（小倉方面）相互間の寝台特急に変更した。
つまり、東京・下関間の「あさかぜ」に乗継割引が適用される。東京・広島(下関)間の臨時寝台特急「サンライズゆめ」は通達で乗継割引の適用としていたが、これが制度上でもサポートされるもの。
ＪＲ東日本は２０００年７月１日から、イオカードの取扱相互駅間での特急・急行列車の利用を可能にした。利用可能なエリアは、八王子・前橋・宇都宮・勝田・成田・成東・茂原・君津・熱海までの範囲内。特急券や急行券は別途購入する必要がある。新幹線は引き続き利用できない。
ＪＲ北海道は、２０００年４月１日に自社バス路線を子会社のＪＲ北海道バスに移管した。これに伴い、自動車線を鉄道の中間で利用する場合に前後の鉄道の運賃計算キロを通算できる制度の適用対象外となる。
但し、深名線深川・名寄間は通過連絡運輸の適用対象とし、結果的に従来どおり鉄道の中間でで利用する場合に前後の鉄道の運賃計算キロを通算できる。
ＪＲグループは２０００年２月１日から、一部券片を使用した有効期間内の回数券について、その残券の払い戻しを可能とした。トクトクきっぷの回数券タイプの商品は対象外。
ＪＲ東日本は20００年２月１日に、東京都区内と山手線内の均一回数券を廃止した。割引率の大きさを問題視したため。発売は前日で終了し、発売済みの券については有効期間内であれば使用可能とした。
ＪＲグループは１９９９年１２月１日から、団体乗車券の発売条件のうち団体の人数について、１５名から８名に変更した。近年の旅行の小グループ化に対応したもの。
ＪＲ西日本は１９９９年１０月１日から、京都・鳥取間と新大阪・鳥取間の特急列車について、京都方面または大阪方面と鳥取方面の列車を福知山駅の改札内で乗り継ぐ場合に、特急料金とグリーン料金を通算して計算することにした。
つまり、新大阪口の「北近畿」「タンゴエクスプローラー」「文殊」と、京都口の「はしだて」「きのさき」が福知山で相互に乗り継げることを示す。乗り換えの手間はあるが、同じ料金で利用できる列車の幅が広がる。
ＪＲ東日本は１９９９年６月１日から大都市近郊区間を拡大した。ストアードフェアカード「イオカード」の適用区間拡大に伴うもの。拡大した区間は次のとおり。
東海道本線 平塚・熱海間
八高線 高麗川・倉賀野間
高崎線 熊谷・高崎間
上越線 高崎・新前橋間
両毛線
東北本線 小山・宇都宮間
水戸線
常磐線 土浦・勝田間
内房線 木更津・君津間
ＪＲ東日本は１９９９年３月１日から、首都圏地区のライナー列車にホームライナー料金を新設した。料金は５００円。従来は３１０円の乗車整理券で利用できたため、実質的な値上げとなる。
ＪＲ西日本は１９９８年１２月１日から、大都市近郊区間を拡大した。拡大した区間は次のとおり。
山陽本線 西明石・相生間、兵庫・和田岬間
赤穂線 相生・播州赤穂間
福知山線 宝塚・谷川間
加古川線
和歌山線 高田・和歌山間
関西本線 木津・拓殖間
草津線
東海道本線 京都・米原間
北陸本線 米原・近江塩津間
湖西線
山陰本線 京都・園部間
ＪＲ西日本は１９９８年１２月１日から、入場券の有効時間を発売当日から発売時刻より２時間以内に変更した。
ＪＲ四国は１９９８年１０月１日から、高徳線池谷・勝瑞間を区間外乗車の適用区間に追加した。ダイヤ改正で池谷に停車せず勝瑞に停車する「うずしお号」を設定したため、鳴門線と高徳線高松方面との乗継が池谷でできないケースが生じたため。
ＪＲ東日本は１９９７年１０月２７日から、次のいずれかの条件を満たす定期券について、「長野新幹線」高崎・安中榛名間と信越本線高崎・磯部間のどちらも利用可能とした。
・経路に高崎・安中榛名間を含む新幹線定期券。
・信越本線磯部以遠松井田方面と、高崎線熊谷以遠行田方面、または上越線後閑以遠上牧方面の定期券で、新幹線利用可能区間の表示がある定期券。
ＪＲグループは１９８８年７月から、「マリンライナー」（岡山・高松間）など普通列車のグリーン車指定席について、普通列車用グリーン券のみで利用可能と定めた。従来は制度上はグリーン券の他に座席指定券が必要であったが、通達で座席指定券を不要としていたため、事実上は料金に変更はない。
ＪＲグループは１９８７年９月１日から、従来は列車の運転区間を基準に定めていた座席指定券の料金について、利用区間を基準とするように変更した。例えば本州と九州を直通する列車を九州内でのみ利用する場合について、従来は本州の料金が適用されたが、これからは九州内の料金が適用される。
日本国有鉄道は１９８４年４月２０日に運賃改定を実施。平均８．２％の値上げ。
東京・大阪の国電区間、幹線、地方交通線の地域別運賃制度を導入、国電区間は値上げ幅を抑制し、地方交通線には幹線と比較して平均６．５％の割増運賃を適用した。また、大都市の私鉄並行区間を中心に特定運賃を導入した。特急料金にはシーズン制を導入、普通車指定席の特急料金について、繁忙期は２００円増し、閑散期は２００円引きとした。
１等・２等の等級制を廃止し、運賃と設備に対する料金に分類。基本賃率地帯境界を４００キロから５００キロに変更。